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Contamination of Clams with Human Norovirus and a Novel Hepatitis A Virus in Cameroon ArchiMer
Bonny, Patrice; Desdouits, Marion; Schaeffer, Julien; Garry, Pascal; Essia Ngang, Jean Justin; Le Guyader, Soizick.
Shellfish constitute an important protein source but may be contaminated by viruses from various origins. A study performed on clams collected in Cameroon showed a high prevalence of norovirus and hepatitis A virus. After sequencing, the hepatitis A virus showed similarities with the genotype V simian strains. The need for a one-health approach to protect humans from emerging diseases is evident by the high number of microbial pathogens that become zoonotic following insect bites or consumption of contaminated meat. This is particularly well documented for infectious disease transmission from non-human primates to human (Devaux et al. 2019). Environmental issues are critical in such events, especially for RNA viruses that may be excreted at high...
Tipo: Text Palavras-chave: Shellfish; Hepatitis A virus; Molecular epidemiology.
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00635/74745/74851.pdf
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De la terre à la mer, les microbes sous surveillance ArchiMer
Desdouits, Marion; Piquet, Jean-come; Rocq, Sophie; Euller, Gabriel; Le Guyader, Soizick; Garry, Pascal.
Ce poster a été réalisé dans le cadre de la fête de la science 2020, au muséum d’histoire naturelle de Nantes, afin de présenter au grand public l’évolution de la surveillance de la qualité microbiologique des zones de production conchylicole depuis le début du 20ème siècle à nos jour.
Tipo: Text
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00675/78756/80928.pdf
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De la terre à la mer. "Usual suspects" de la contamination microbiologique des coquillages ArchiMer
Euller, Gabriel; Desdouits, Marion; Pilven, Sophie; Le Guyader, Soizick; Garry, Pascal.
Ce poster a été réalisé dans le cadre de la fête de la science 2020, au muséum d’histoire naturelle de Nantes, afin de présenter au grand public les principaux organismes pathogènes pour l’homme contaminant les coquillages.
Tipo: Text
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00675/78754/80922.pdf
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High load of hepatitis E viral RNA in pork livers but absence in pork muscle at French slaughterhouses ArchiMer
Feurer, C.; Le Roux, A.; Rossel, R.; Barnaud, E.; Dumarest, M.; Garry, Pascal; Pavio, N..
Pork ham muscle can be contaminated with HEV via blood vessels during viremia and represents a possible source of human contamination via the consumption of dried ham. This study evaluated the prevalence of HEV RNA in pork ham muscles and pork livers at slaughterhouses. Serology was determined on the corresponding serum samples. The apparent individual seroprevalence rate in the 49 pig farms studied was 59% [55.5%–61.4%]. None of the 1134 ham muscles tested was positive for the presence of HEV. HEV prevalence in paired liver samples was 2.8% with a level of contamination of up to 1.46 108 copies/g. Sequences of viral strains isolated from positive livers belonged to genotype 3 and subtypes 3c, 3e, 3f and 3j. Our results confirmed that raw pork liver food...
Tipo: Text Palavras-chave: Pork muscles; Hepatitis E virus; Food safety.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00405/51647/52196.pdf
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Hygiène. Guide pratique pour la réalisation d'essais d'adhésion microbienne. ArchiMer
Bellon Fontaine, Marie-noelle; Dulas, Alice; Garry, Pascal; Hermon, Christophe.
Dans les industries agro-alimentaires, la biocontamination des surfaces peut entraîner des pertes de rentabilité importantes liées à l’encrassement des matériaux (augmentation de la consommation d’énergie, réduction de la productivité, dégradation du produit fini…). Lorsqu’elle implique des germes pathogènes, cette biocontamination peut être à l’origine de problèmes de santé publique parfois sévères. Conscient des enjeux socio-économiques et scientifiques que peuvent générer de tels phénomènes bioadhésifs, le RMT ACTIA CHLEAN s’est fixé plusieurs missions, parmi lesquelles l’amélioration des connaissances des phénomènes bioadhésifs pour proposer, aux industriels et aux filières du secteur agro-alimentaire, des solutions innovantes dans la maîtrise du...
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00295/40652/39626.pdf
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Improving the efficacy of sewage treatment decreases norovirus contamination in oysters ArchiMer
Schaeffer, Julien; Treguier, Cathy; Piquet, Jean-come; Gachelin, Sonia; Cochennec-laureau, Nathalie; Le Saux, Jean-claude; Garry, Pascal; Le Guyader, Soizick.
As human population increases worldwide, water quality will become increasingly problematic, and food consumed raw may be of higher risk. This is already evident for oysters grown in coastal areas - despite regulations based on bacterial indicators, oysters are still implicated in food-borne outbreaks worldwide. The pathogens most frequently detected are human noroviruses, which are shed at high concentrations in human excreta and are very resistant to environmental conditions. Sewage treatment plants usually apply a variety of steps such as activated sludge treatment, chlorine or UV disinfection to eliminate contaminants, these processes have variable efficacy. This study demonstrates the impact of replacing an old lagoon-based sewage treatment plant with...
Tipo: Text Palavras-chave: Norovirus; Shellfish safety; Sewage treatment; Coastal water quality.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00450/56140/57707.pdf
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Metagenomic to evaluate norovirus genomic diversity in oysters: Impact on hexamer selection and targeted capture-based enrichment ArchiMer
Strubbia, Sofia; Schaeffer, Julien; Besnard, Alban; Wacrenier, Candice; Le Mennec, Cecile; Garry, Pascal; Desdouits, Marion; Le Guyader, Soizick.
Human virus transmission through food consumption has been identified since many years and the international trade increases the risk of dissemination of viral pathogens. The development of metagenomic approach holds many promises for the surveillance of viruses in food and water. This work aimed to analyze norovirus diversity and to evaluate strain-dependent accumulation patterns in three oyster types by using a metagenomic approach. Different hexamer sets to prime cDNA were evaluated before capture-based approach to enhance virus reads recovery during deep sequencing. The study includes the use of technical replicates of artificially contaminated oysters and the analysis of multiple negatives controls. Results showed a clear impact of the hexamer set...
Tipo: Text Palavras-chave: Norovirus; Oysters; Metagenomic; Human enteric viruses..
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00614/72575/71535.pdf
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Microbiologie et coquillages : des enjeux et des développements futurs ArchiMer
Le Guyader, Soizick; Garry, Pascal; Ollivier, Joanna; Piquet, Jean-come.
The shellfish safety has long been considered a public health problem. The implementation of a regulation based on a bacterial indicator of faecal contamination has significantly reduced outbreaks of bacterial origin. However, epidemics of viral gastroenteritis due to the presence of noroviruses from human sewage persist. We demonstrated few years ago that oysters are not just a passive filter but are able to select some viral strains, via the presence of specific ligands, very similar to ligands observed in humans for these same virus. Ongoing developments, in conjunction with the application of metagenomic tools, will allow us to better understand the fate of some human pathogens after their release into the coastal environment.
Tipo: Text Palavras-chave: Shellfish; Microbiology; Oysters; Norovirus.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00599/71141/69457.pdf
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Organisation d'essais interlaboratoires sur coquillages vivants pour E. coli ArchiMer
Garry, Pascal; Dupont, Jacques; Kaelin, Gaelle; Kergaravat, Cedric; Menanteau, Chantal; Vallade, Emilie; Veron, Antoine; Catherine, Martial.
En microbiologie des aliments, le document LAB REF 02 du cofrac demande aux laboratoires de participer au moins deux fois par an aux comparaisons interlaboratoires organisés dans leur domaine analytique afin de démontrer leur compétence et garantir ainsi la qualité de leurs résultats. Par ailleurs, le règlement CE n°882/2004 du 29 avril 2004 relatif aux contrôles officiels précise dans son article 33 que les laboratoires nationaux de référence organisent « des essais comparatifs entre les différents laboratoires nationaux officiels et assurent un suivi adéquat de ces essais ». Dans ce cadre le Laboratoire National de Référence (LNR) microbiologie des coquillages a mis en place des essais d’intercomparaison destinés à l’ensemble des laboratoires réalisant...
Tipo: Text Palavras-chave: Microbiologie; Analyses microbiologiques; Coquillages; Essais interlaboratoires; Escherichia coli.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25473/23627.pdf
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Prevalence and characterization of Salmonella spp. in three shellfish-harvesting areas in France ArchiMer
Gourmelon, Michele; Lozach, Solen; Garry, Pascal; Balliere, Clémence; Sauvageot, Nicolas; Le Hello, Simon; Rince, Alain.
Shellfish farming is an important economic activity in the Brittany and Normandy regions. However, a part of the production sites corresponds to relatively sensitive areas where the presence of faecal microorganisms is a major concern for shellfish and constitutes a possible health risk. Indeed, shellfish bioaccumulates in their tissues pathogenic contaminants present in water and can cause food-borne diseases such as salmonellosis. During a two-year study, we evaluated the presence of faecal indicators, measured the prevalence of Salmonella spp., isolated and characterized Salmonella spp. from three French shellfish-harvesting areas (shellfish and sediment) and their watersheds (from river water samples).
Tipo: Text
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00341/45199/44609.pdf
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Rapport d’activités 2015. Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie. Laboratoire National de Référence de Microbiologie des coquillages ArchiMer
Garry, Pascal; Le Saux, Jean-claude; Hervio Heath, Dominique; Le Guyader, Soizick.
La Microbiologie sanitaire, thème de recherche fédérant notre laboratoire, nous a permis d’obtenir des résultats intéressants qui sont présentés dans ce rapport et ont été valorisés par des publications ou la participation des membres de l’équipe à des congrès scientifiques. Cette thématique nous permet surtout des collaborations variées au travers des projets de recherche portés par l’équipe. L’élargissement de nos activités en intégrant la coordination REMI constitue un point important à souligner complétant nos actions de référence, d’expertise et de recherche. L’attrait et l’intérêt scientifique suscité par la microbiologie sanitaire a été démontré par le succès rencontré par le colloque organisé à Brest en lien avec la fin du projet européen...
Tipo: Text
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00380/49138/49574.pdf
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Rapport d’activités 2016. Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie, Laboratoire National de Référence de Microbiologie des coquillages ArchiMer
Garry, Pascal; Hervio Heath, Dominique; Le Guyader, Soizick.
Ce rapport présente une synthèse des actions, travaux menés par l’équipe, accompagnée par des stagiaires, doctorants, post doctorants qu’il est important de remercier pour leur contribution. Cette année 2016 a de nouveau été une année riche en résultats innovants qui permet à notre équipe d’être reconnue au niveau national et international. En effet la Microbiologie sanitaire, thème de recherche fédérant notre laboratoire, thématique à l’interface de la santé publique, de la qualité des eaux côtières et des coquillages, nous permet de développer nos activités sur le terrain ou sur une approche plus fondamentale. Les résultats obtenus nous permettent d’exercer notre activité de Laboratoire National de Référence, en apportant connaissance scientifique et...
Tipo: Text
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00433/54493/55858.pdf
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Rapport d’activités 2017. Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie. Laboratoire National de Référence de Microbiologie des coquillages ArchiMer
Garry, Pascal; Le Guyader, Soizick.
Ce rapport présente une synthèse des actions, travaux menés par l’équipe, accompagnée par des stagiaires, doctorants, post doctorants qu’il est important de remercier pour leur contribution. Cette année 2017 a de nouveau été une année riche en résultats innovants qui permet à notre équipe d’être reconnue au niveau national et international. En effet la Microbiologie sanitaire, thème de recherche fédérant notre laboratoire, thématique à l’interface de la santé publique, de la qualité des eaux côtières et des coquillages, nous permet de développer nos activités sur le terrain ou sur une approche plus fondamentale. Les résultats obtenus nous permettent d’exercer notre activité de Laboratoire National de Référence, en apportant connaissance scientifique et...
Tipo: Text
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00465/57686/59887.pdf
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Rapport d’activités 2018 – Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie. ArchiMer
Desdouits, Marion; Garry, Pascal; Gourmelon, Michele; Hervio Heath, Dominique; Hubert, Francoise; Kaelin, Gaelle; Kergaravat, Cedric; Le Mennec, Cecile; Le Guyader, Soizick; Loiseau, Veronique; Lozach, Solen; Maillot, Jessica; Ollivier, Joanna; Parnaudeau, Sylvain; Piquet, Jean-come; Quenot, Emmanuelle; Rocq, Sophie; Schaeffer, Julien; Serghine, Joelle; Vallade, Emilie; Veron, Antoine; Wacrenier, Candice.
Ce rapport présente une synthèse des actions, et travaux réalisés par le laboratoire Santé Environnement et Microbiologie pendant l’année 2018. Les divers projets de recherche sont résumés et les derniers développements ou résultats sont brièvement évoqués. Les actions en tant que Laboratoire National de Référence pour la Microbiologie des Coquillages et les activités pour la coordination du réseau REMI sont également présentées.
Tipo: Text Palavras-chave: Microbiologie sanitaire; Bactéries entériques; Vibrions; Virus entériques humains; Norovirus; Coquillage; Activité de référence; REMI..
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00491/60218/63584.pdf
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Rapport d’activités 2019. Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie, Laboratoire National de Référence de Microbiologie des coquillages ArchiMer
Garry, Pascal; Le Guyader, Soizick.
Ce rapport présente une synthèse des actions, et travaux réalisés par le laboratoire Santé Environnement et Microbiologie pendant l’année 2019. Les divers projets de recherche sont résumés et les derniers développements ou résultats sont brièvement évoqués. Les actions en tant que Laboratoire National de Référence pour la Microbiologie des Coquillages et les activités pour la coordination du réseau REMI sont également présentées.
Tipo: Text Palavras-chave: Microbiologie sanitaire; Bactéries entériques; Vibrions; Virus entériques humains; Norovirus; Coquillage. Activité de référence; REMI.
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00615/72671/71688.pdf
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Rapport d'activités 2020. Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie, Laboratoire National de Référence de Microbiologie des coquillages ArchiMer
Garry, Pascal; Le Guyader, Soizick.
Ce rapport présente une synthèse des actions, et travaux réalisés par le laboratoire Santé Environnement et Microbiologie pendant l’année 2020. Les divers projets de recherche sont résumés et les derniers développements ou résultats sont brièvement évoqués. Les actions en tant que Laboratoire National de Référence pour la Microbiologie des Coquillages et les activités pour la coordination du réseau REMI sont également présentées.
Tipo: Text Palavras-chave: Microbiologie sanitaire; Bactéries entériques; Vibrions; Virus entériques humains; Norovirus; SARS-CoV-2; Coquillages. Activité de référence; REMI..
Ano: 2021 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00691/80332/83455.pdf
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Revue bibliographique : risques de contamination des coquillages par les contaminations d’origine aviaire ArchiMer
Gourmelon, Michele; Serghine, Joelle; Boukerb, Mohamed; Garry, Pascal.
Tipo: Text
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00623/73462/81203.pdf
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Synthèse de la journée microbiologie sanitaire 2014 ArchiMer
Garry, Pascal.
Les journées de microbiologie sanitaire sont organisées chaque année par le Laboratoire Santé, Environnement et Microbiologie (LSEM). Ces journées permettent de réaliser un bilan des activités liées aux missions de Laboratoire National de Référence Microbiologie des coquillages ainsi que de la surveillance (REMI). Les derniers résultats de la recherche menée au LSEM, dans les Laboratoires Environnement Ressource (LER) ou dans d’autres structures ayant des activités en lien avec la sécurité sanitaire des coquillages sont également présentés. En 2014, 116 personnes ont participé à ces journées. Y participaient, des représentants de l’administration centrale (DGAl), de l’administration locale (ARS, DDTM, DDPP, CIRE), des agences de l’eau, des professionnels...
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00250/36169/34718.pdf
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Synthèse de la journée Santé Environnement et Microbiologie 2015 ArchiMer
Garry, Pascal.
La journée santé environnement microbiologie est organisée chaque année par le Laboratoire Santé, Environnement et Microbiologie (LSEM). Cette journée permet de réaliser un bilan des activités liées aux missions de Laboratoire National de Référence Microbiologie des coquillages ainsi que de la surveillance (REMI). Les derniers résultats de la recherche menée au LSEM, dans les Laboratoires Environnement Ressource (LER) ou dans d’autres structures ayant des activités en lien avec la sécurité sanitaire des coquillages sont également présentés. En 2015, 126 personnes ont participé à ces journées. Y participaient des représentants de l’administration centrale (DGAl), de l’administration locale (ARS, DDTM, DDPP, CIRE), des agences de l’eau, des professionnels...
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00302/41358/40550.pdf
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Synthèse de la journée Santé Environnement et Microbiologie 2016. Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie, - Laboratoire National de Référence de Microbiologie des coquillages ArchiMer
Garry, Pascal.
Tipo: Text
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00433/54504/55875.pdf
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